Durante a Guerra Civil, o bando sublevado estableceu no ámbito da xustiza unha xurisdición especial como un mecanismo máis para consolidar o seu novo réxime e argumentar xurídica e ideoloxicamente a represión daqueles que se opuxeron ao chamado Movemento Nacional. Principalmente articulouse coa Lei de Responsabilidades Políticas de 1939 e un dos principais obxectivos era sancionar economicamente aos que participaron no bando republicano.
Os precedentes lexislativos desta lei sitúanse no Decreto 108/1936 da Xunta de Defensa Nacional que establece a ilegalidade e a incautación dos bens e documentos das agrupacións políticas e sociais que integraron a Fronte Popular no proceso electoral de 1936. En base a esta normativa, os xenerais do exército remitían unha relación de persoas e bens ao xulgado de primeira instancia para que se decretase o embargo de bens ata a depuración das responsabilidades civís ou criminais.
As disposicións do 10 de xaneiro de 1937 desenvolveron esta materia ao crear a Comisión Provincial de Incautacións de Bens, que estaba integrada polo gobernador civil, un maxistrado da Audiencia e un avogado do Estado. Este organismo nomeaba a un xuíz, que podía ser un oficial do exército ou un funcionario da carreira xudicial, para que iniciase un expediente de responsabilidade civil que determinase o embargo dos bens do procesado, sen prexuízo da responsabilidade penal. O expediente era elevado ao xeneral do exército quen determinaba se os inculpados eran responsables e a contía da súa responsabilidade. A peza de embargo remitíase ao presidente da Audiencia Provincial para que executase o acordo.
Coa proximidade da finalización da contenda, dítase A Lei do 9 de febreiro de 1939 de Responsabilidades Políticas, que crea diferentes organismos: Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas, Xefatura Superior Administrativa, tribunais rexionais de responsabilidades políticas, xulgados instrutores provinciais e xulgados civís especiais, todos eles dependentes da Vicepresidencia do Goberno, e que supón a disolución das comisións de incautacións.
O Tribunal Rexional de Responsabilidades Políticas está composto polo xefe do exército, un funcionario xudicial e un membro da Falanxe que sexa avogado e créase en capitais onde exista unha Audiencia Territorial. Principalmente ordenaban aos xuíces instrutores provinciais a formación de expedientes e ditaban sentenza.
O Xulgado Instrutor Provincial fórmano oficiais do corpo xurídico militar; encárgase de cursar ao Tribunal Rexional as denuncias que recibe para que este acorde se procede a incoación do expediente de responsabilidades políticas; ademais realiza a instrución dos expedientes e solicita informes.
O Xulgado Civil Especial está ao cargo dun xuíz de primeira instancia ou maxistrado e está asignado ao Tribunal Rexional. As súas principais funcións, unha vez desaparecida a Comisión Provincial de Incautacións, son a formación da peza separada de embargo e a administración dos bens. As apelacións contra as súas resolucións elevábanse á Audiencia Territorial.
Ao crearse estes novos organismos, as sentenzas que foran ditadas pola xurisdición militar dirixíanse ao Tribunal Rexional. As denuncias particulares podían formalizarse ante o Tribunal Rexional, xulgados instrutores provinciais ou calquera xulgado ordinario. O xuíz instrutor provincial, recibida a orde de proceder, citaba ao inculpado e pedía informes a alcaldes, xefes locais de FET-JONS, curas párrocos e comandantes da Garda Civil.
A Lei do 19 de febreiro de 1942 sobre reforma da de Responsabilidades Políticas suprime os tribunais especiais e atribúese á xurisdición ordinaria o axuizamento das responsabilidades, ao mesmo tempo que se reducen os supostos acusatorios. As funcións do Tribunal Rexional son asumidas pola Audiencia Provincial, mentres que o Xulgado de Primeira Instancia e Instrución exerce as competencias dos suprimidos xulgados instrutores provinciais e xulgados civís especiais.
A diminución das denuncias entre outras causas puxo fin a esta xurisdición especial de responsabilidades políticas, que se suprime definitivamente mediante Decreto do 13 de abril de 1945, ao mesmo tempo que se establece a posibilidade de constituír unha Comisión Liquidadora. O Decreto 2824/1966, do 10 de novembro, concede un indulto xeral de todas as sancións derivadas da lexislación de responsabilidades políticas e disolve a Comisión Liquidadora.