Ingresou no Exército, onde chegou a sarxento de artillería e participou na rebelión do cuartel de San Gil en xuño de 1866. En 1869 redactou unha proclama, que lle supuxo ser condenado á morte, pena que lle foi conmutada pola de cadea perpetua. Fuxiu a Francia de onde regresou con ocasión da amnistía de 1870.
Foi secretario do Concello de Granollers e deputado a Cortes na primeira República. Co golpe do xeneral Manuel Pavía, Latorre exiliouse de novo a Francia. Ante a convocatoria de eleccións en 1879, rexurdiu o movemento republicano e formouse, entre outros o Partido Demócrata Progresista.
Antonio Prieto Puga, José Manuel Martínez Pérez e Juan Fernández Latorre, mediante escritura privada, fundaron La Voz de Galicia en 1882. En 1885, disolveuse a sociedade fundacional e Fernández Latorre converteuse en propietario único do diario.
Nas eleccións lexislativas de 1891 obtivo acta de deputado republicano por Ortigueira (A Coruña). En 1910 conseguiu escano por A Coruña. Ademais de deputado a Cortes, tamén foi subsecretario da Gobernación en 1905 e en 1910.
En 1911 foi nomeado gobernador civil de Madrid, cargo que desempeñou ata o día da súa morte o 14 de marzo de 1912.21