A Universidade Central é herdeira da que fundase o cardeal Cisneros en Alcalá de Henares, antiga Complutum, en abril de 1499, a cal iniciou a súa actividade en outubro de 1508. En 1821 disponse o traslado da Universidade de Alcalá de Henares a Madrid, co nome de "Universidade Central", despois dun intento frustrado en 1813, no marco dun proceso de centralización e estatalización dos ensinos universitarios. Rapidamente fíxose efectivo o traslado, redactándose un novo Regulamento interno e inaugurándose as novas instalacións en novembro de 1822, pero a volta do Antigo Réxime significou o fracaso deste primeiro ensaio, e en xullo de 1823 os estudos universitarios volveron a Alcalá de Henares. Só tras a morte de Fernando VII a Universidade trasladaríase definitivamente a Madrid.
En 1845 o Plan Pidal continua a tendencia centralizadora e establece a secularización do ensino secundario e superior, que ata entón estiveran ligadas á Igrexa. Ademais, dótase aos estudos dun carácter máis práctico, como medio para chegar a exercer unha profesión, polo menos ata o grao de licenciado. Considérase que o grao de doutor está ligado á docencia universitaria e só se impartirá na Universidade Central, que este plan aspira a converter en "norma e modelo de todas as de España".
En 1853 promúlgase un novo Regulamento interno.
A Lei de Instrución Pública de 1857, chamada Lei Moyano, reestruturou a educación e conseguiu manterse vixente, polo menos nos seus aspectos xerais, ata a II República, incluíndo as súas normas de desenvolvemento no referente ao ámbito universitario, ditadas en 1859. Estas normas fixan a consecución de tres graos académicos: bacharel;que pasaría a formar parte do Segundo Ensino, licenciado e doutor. Fixaba o número de Facultades en seis: Dereito, que substituía á antiga Escola de Xurisprudencia; Ciencias, que se desgajaba de Filosofía e incorporaba tamén os estudos do Museo de Ciencias Naturais, do Gabinete de Historia Natural e o Xardín Botánico; Filosofía e Letras, que recollía tamén estudos procedentes da antiga facultade de Filosofía; Medicina, Farmacia e Teoloxía, esta última suprimida en 1868. Ademais, formaban parte dos estudos universitarios os "ensinos superiores";enxeñeiros de camiños, canles e portos; enxeñeiros de minas; enxeñeiros de montes; enxeñeiros agrónomos; enxeñeiros industriais; Belas Artes; Diplomática; Notariado; e os "ensinos profesionais" ;veterinaria; profesores mercantís; náutica; mestres de obras, aparelladores e agrimensores; mestres de Primeiro Ensino;, todos as cales se impartirían en Madrid, excepto os de náutica. Todo isto concretouse, para a Universidade Central, no seu Regulamento de goberno interior de 1870.
Esta estrutura académica básica quedou inalterada, salvo leves modificacións, ata a II República.
A II República desmontou practicamente de golpe todo o sistema educativo deseñado pola Ditadura, polo menos no ámbito universitario, e a finais de 1931 xa se restableceu a organización académica anterior. Esta situación mantívose inalterada durante os primeiros anos do réxime franquista, excepto pola prohibición de conferir o grao de doutor ata que cada Universidade obtivese unha autorización expresa, autorización que a Universidade Central obtivo en 1944. Nestes anos resulta de interese a preocupación do lexislador polos Colexios Maiores, concibidos como órganos de encuadramiento e control dos estudantes, e en 1942 establécese o seu número e regúlase o seu funcionamento.
A gran reforma universitaria franquista plasmouse na Lei de Ordenación da Universidade Española de xullo de 1943, impulsada polo ministro José Ibáñez Martín.
Cara aos anos de 1960 fíxose evidente que a Lei de 1943 estaba a necesitar unha substitución, que se realizaría coa Lei Xeral de Educación de 1970, impulsada polo ministro Villar Palasí. Pero xa certas disposicións anteriores habían vindo preparando esta reforma. Especial relevancia ten a reestruturación das Facultades e do seu profesorado efectuada en 1965, que introduce os "Departamentos", unidade que agrupará ás persoas e medios destinados á docencia e a investigación nun mesmo campo.
En 1968 créase en Madrid unha nova Universidade, coas mesmas Facultades que a xa existente, excepto a Sección de Ciencias Políticas; esta nova universidade, pronto chamada "Autónoma" contará cun distrito non territorial. A nova lei educativa, xunto coa creación desta segunda universidade madrileña, determinan a publicación en 1970 duns Estatutos "provisionais" da Universidade de Madrid, que implican que esta pase a denominarse "Universidade Complutense de Madrid" (UCM).