A Transatlántica ten o seu precedente na Compañía de Vapores Correos A. López", fundada en Cuba en 1849 polos empresarios españois Antonio López y López e Patricio de Satrústegui y Bris.
En xaneiro de 1857 foi refundada. De entre todos os refundadores foi Antonio López y López quen se erixiría como principal cabeza visible da compañía. En 1861 conseguen a concesión dos contratos de transporte de pasaxe e correo entre España, Cuba, Porto Rico e Santo Domingo, ao que se engadiu o traslado de soldados a Santo Domingo (1863-1865) e a Cuba durante a Guerra dos Dez Anos (1868-1878). En 1878, a navieira contaba con 13 vapores para as súas liñas regulares desde Santander e Cádiz a Cuba e Porto Rico.
En 1881 a compañía A. López transfórmase en sociedade anónima e pasa a chamarse Compañía Transatlántica. En 1883 falece Antonio López e o seu fillo Claudio López Bru toma as rendas da empresa. Na axenda da Xunta Directiva que preside incluíuse a negociación dun contrato que se asinou en 1887 e que supuxo un notable aumento de axudas á Transatlántica para a subvención de liñas. Prolóngase así o servizo que chegaba a Cuba ata Veracruz, Nova York e créase un novo aos portos do Río da Prata. Establécese outro de Vigo a Colón con escalas en Porto Rico,La Habana, Santiago de Cuba, A Guaira e outros portos do Caribe. Pero, segundo información da propia compañía, non deu bos resultados e foi suspendido en 1891
En 1892 a empresa tiña sete liñas —tres a América, tres a África e unha a Filipinas— e 211 axencias en todo o mundo. En 1898 a Compañía Transatlántica sofre os nefastos efectos da Guerra hispano-estadounidense e a perda das últimas colonias de ultramar que tanto achegaron ás arcas da empresa. Moitos barcos desta compañía cooperaron con a Armada Española durante a guerra. Con todo, neses anos a firma non deixou de facer bos negocios, trasladando grandes continxentes de inmigrantes a Río de Janeiro, Montevideo e Bos Aires. En 1899 engadiu un servizo que partía de Liverpool e seguía por A Coruña, Vigo, Porto, Lisboa, Cádiz, etc ate Valparaíso.
A Lei de comunicacións do 14 de xuño de 1909 incrementou aínda máis os privilexios que gozaba a Transatlántica mediante a remodelación do sistema de primas e subvencións. A xustificación política esgrimida foi que era a maneira de contar cunha compañía española en condicións de competir coas estranxeiras.
A Primeira Guerra Mundial trastornou o funcionamento das liñas regulares de navegación. A Transatlántica con todo, non viu alteradas substancialmente as súas actividades. A neutralidade española durante a guerra permitiu continuar a navegación da Transatlántica.
En 1920, pasados os difíciles anos da guerra, a Compañía Transatlántica realiza unha considerable expansión e modernización da frota. Constrúense buques de pasaxeiros ben equipados e con todas as comodidades que fan que a Transatlántica poida competir coas mellores navieiras transoceánicas do mundo.
Claudio López Bru, segundo Marqués de Comillas, falece en 1925. Nos anos seguintes a Compañía veríase afectada pola crise mundial de 1929 e pola proclamación da Segunda República Española. Polo Decreto do 5 de maio e Lei do 23 de xullo de 1932 rescindiuse o contrato vixente entre a empresa e o Estado. Así, a conxuntura política e económica obrigou a cancelar servizos e suprimir liñas, como as de Montevideo e Buenos Aires, que foron adxudicadas á navieira Ybarra.
En xullo de 1936, ao comezar a Guerra Civil Española, suspéndense moitas das liñas restantes debido á confusión reinante. Varios buques da Transatlántica son afundidos durante o conflito, polos combatentes de ambos os bandos, e outros son requisados polos gobernos doutros países. Trala Guerra a Compañía Transatlántica tarda en repoñerse das perdas sufridas. O inicio da Segunda Guerra Mundial, case inmediatamente despois dos duros anos da Guerra Civil, impide o crecemento da empresa. A principios dos cincuenta a Transatlántica vai recuperándose paulatinamente, máis o alivio ía durar moi pouco.
Durante os anos sesenta, tras a chegada dos primeiros grandes avións de liña a reacción popularízanse e estenden as liñas aéreas, e a sorte da Compañía Transatlántica Española sofre un duro golpe. As accións e o investimento caen en picado. Entre o final desta década e 1974 a Compañía liquida practicamente toda a súa frota.
En 1978 a Transatlántica, desposuída xa dos seus luxosos navíos, intégrase no Instituto Nacional de Industria. Desaparecida a división de pasaxe, a compañía pasou a dedicarse en exclusiva ao transporte de mercadorías. Foi provatizada no ano 1994 e adquirida por Navieira Odiel. Pasou a explotar liñas regulares entre a Península e Canarias, Italia, Grecia e Turquía. En 2007 o grupo Odiel foi adquirido pola sociedade de investimento Lajavi. En 2010 a Transatlántica entrou en concurso de acredores e en 2012 a sociedade disolveuse por decisión xudicial.